2017/2018
QM/MM在計算DNA與配體評分函數的準確性研究
《計算機與應用化學》, 2017,34(9):669-672
作者 | 馮榮楷/
劉若雲/ 陳趣汶/ 林凱盈/ 許夢瑩 |
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摘要 | 目的: 評估QM/MM方法和Surflex-Dock分子對接程序對DNA-配體覆合物模擬的準確性。
從蛋白質數據庫(Protein Data Bank)下載DNA-配體覆合物的三維結構,利用計算機輔助藥物設計的分子對接程序Surflex-Dock模擬出147個誘餌化合物(decoys)並計算其結合分數(binding score)。然後將得出的分數與從QM/MM計算的結合能力以Z-score和辨別力(DP)作比較。從而評估Surflex-Dock和QM/MM的準確性。
Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高,顯示Surflex-Dock的辨別力較低。
因QM/MM計算速度慢,本研究認為Surflex-Dock可用作快速虛擬篩選,而較準確的QM/MM則適合用於對擁有較高結合分數的化合物進行再評分(rescoring)。
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