中西文化研究所過往與澳門基金會合作舉辦過的研討會分別有："中外文化交流與澳門語言文化" (2002)、"澳門與其他東西方文化交匯點比較與探究"(2002)、 "16─18世紀中西關係與澳門"(2003)等。另外，2005年9月本所將與澳門基金會及中國社會科學院共同舉辦"當代文化與世界文明研究的新動向"研討會；2006年4月和北京大學亞太研究院合作，舉辦"21世紀的東亞：文化建設與文化交流"國際學術研討會”等國際研討活動；2006年5月主辦"文化與宗教的碰撞－紀念聖方濟各•沙勿略誕辰500週年國際學術研討會"，以及2006年9月的第三屆儒學國際學術研討會－儒家文化的價值觀與現代意義等。